طرح اولیه تاسیس این موزه در سال ۱۳۷۶ و بدعوت سازمان میراث فرهنگی کشور (به ریاست مهندس سید محمد بهشتی و به پیشنهاد دکتر مازیار اشرفیان بناب ) آغاز و در جلسه‌ای مشترک و با حضور بزرگان علوم پزشکی کشور به تائید نهائی رسیده و عملیات تاسیس اولین موزهٔ پزشکی کشور به ریاست دکتر مازیار اشرفیان بناب آغاز گردید.
در احداث و تاسیس این موزه بسیاری چون دکتر ایرج فاضل (ریاست فرهنگستان علوم پزشکی ایران)، دکتر محمد فرهادی (وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی)، دکتر محمدرضا ظفرقندی ( ریاست دانشگاه علوم پزشکی تهران و ریاست سازمان نظام پزشکی ایران)، مهندس سید محمد بهشتی ( ریاست سازمان میراث فرهنگی کشور)، دکتر سید محمد قدسی ( معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران) و جلیل گلشن) معاونت پژوهشی سازمان میراث فرهنگی کشور) نقش موثر و تعیین کننده داشته‌اند.
در سالهای اولیه این طرح، بنائی تاریخی (مربوط به دورهٔ قاجاریه) متعلق به دانشگاه علوم پزشکی تهران جهت تاسیس موزه اختصاص یافت. امور اجرائی موزه تحت نظارت مستقیم وزیر محترم وقت بهداشت و ریاست دانشگاه علوم پزشکی تهران و در حوزهٔ معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران بانجام رسید. همزمان با مساعدت و همکاری سازمان میراث فرهنگی و دانشگاه علوم پزشکی تهران چندین طرح پژوهشی تحت نظر ریاست موزه (آقای دکتر مازیار اشرفیان بناب) جهت شناسائی و جمع آوری کلیهٔ اطلاعات، ادوات و ابزار، اسناد و مدارک تاریخی و همچنین آثار هنری مرتبط با تاریخ علوم پزشکی ایران انجام و با موفقیت به اتمام رسید.
تنها در یکی از این طرحها کلیه موزه‌های کشور بطور کامل و طی مدت دو سال مورد بازدید فرار گرفتند تا کلیهٔ آثار مرتبط با تاریخ پزشکی ایران شناسائی و فهرست برداری شوند. پس از چهار سال کار سخت و طاقت فرسا و با مشارکت بسیاری از علاقمندان به تاریخ پزشکی بیش از از سه هزار اشیاء، ابزار و ادوات پزشکی، کتب خطی، اسناد و مدارک مرتبط با تاریخ پزشکی کشور و همچنین آثار هنری مرتبط جمع آوری و در مجموعه‌ای بسیار زیبا و پر بار مورد بهره برداری قرار گرفت.
این موزه دارای بخشهای متعدد و متنوعی است:
- ابزار و ادوات مرتبط با پزشکی
- بخش دیرین انسان شناسی
- بخش تاریخ دندانپزشکی
- بخش داروسازی
- بخش تاریخ دامپزشکی
- بخش تاریخ پرستاری و مامائی
- بخش تاریخ پزشکی در دوران دفاع مقدس
- بخش اسناد و کتب خطی پزشکی
